В 1929–1932-х годах был назначен на должность ректора Азербайджанского клинического института. Создание Азербайджанского государственного медицинского института и руководство институтом в последующие тяжелые годы требовало большой смелости. Азиз Алиев был в эти годы одним из основных лиц, сыгравших важную роль в осуществлении организационных работ по созданию АГМИ, а 1 июня 1932-го года Азиз Алиев дал согласие на работу ректором этого института. Вскоре после назначения ректором АГМИ под его руководством был разработан широкий план действий по всем важным вопросам. Он привлек к работе азербайджанских кадров, расширил сферу их деятельности и достиг написания учебников, учебных пособий, монографий и рекомендаций на родном языке. По его инициативе на азербайджанский язык были переведены книги «Болезни уха, горла, носа» И. Берберина, «Детские болезни» А. Галтичина, «Курс фармакологии» В. Скворцова, «Гистология» Е. Фрейзельдина и учебники других авторов.
